Pusat Studi Bioteknologi awalnya bernama Pusat Antar Universitas (PAU) Bioteknologi yang didirikan pada tahun 1985, dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No.909/D/T/1996.
Tujuan pendirian PAU Bioteknologi ini untuk mengembangkan bioteknologi di Indonesia melalui kegiatan penelitian, seminar, lokakarya, magang penelitian, kursus singkat dan pengiriman tenaga pengajar ke berbagai universitas di luar negeri untuk program doktor dan master.
Sejak tahun 2001, berdasarkan keputusan Rektor UGM No.25/P/SK/HKTL/2001, PAU Bioteknologi berubah menjadi Pusat Studi Bioteknologi UGM.